Come si usa Blast?
BLAST è un programma euristico per la ricerca di omologie locali di sequenza, esso prende in input una sequenza ed un valore e restituisce una serie di sequenze, ( contenute nel database su cui si fa operare BLAST ) che risultino simili alla sequenza di input, accompagnate da due colonne di valori attestanti la bontà …
Come si usa Psi Blast?
L’approccio usato da PSI-Blast consiste nel tradurre un allineamento in un modello che lo descriva; quest’ultimo viene a sua volta utilizzato per effettuare la ricerca. Questo approccio è utilizzato anche con altre metodiche, che usano però principi diversi per la generazione del modello.
Cosa è l’allineamento di sequenze?
L’ allineamento di sequenze è una procedura bioinformatica con cui vengono messe a confronto ed allineate due o più sequenze primarie di aminoacidi, DNA o RNA. L’allineamento permette di individuare regioni identiche o simili che possono avere relazioni funzionali, strutturali o filogenetiche (evolutive).
Quali sono le analisi di allineamento?
Le analisi di allineamento possono rivelare l’omologia tra geni e proteine, ma è scorretto parlare di “grado di omologia” o “percentuale di omologia”. Infatti l’omologia è un carattere qualitativo, come sterile, vivo, morto, infinito, non quantificabile per gradi.
Cosa sono omologhe sequenze?
Si dicono omologhe quelle sequenze che hanno un gene ancestrale comune ovvero che condividono un progenitore. Il grado di similarità fra due sequenze può essere misurato, l’omologia è un dato qualitativo. La similarità di due sequenze è una quantità misurabile che può essere espressa come, per esempio, percentuale di identità.
Quali sono le opzioni dell’allineamento?
Programmi specializzati nell’allineamento possono offrire due opzioni: allineamenti globali o locali. L’allineamento globale è un’ottimizzazione che cerca di estendere l’appaiamento delle basi lungo le intere sequenze; l’allineamento locale invece cerca di identificare regioni di similarità all’interno di sequenze che possono essere molto